Hygienická služba vznikla před 60 lety, v roce 1952, na základě zákona č. 4/1952 Sb., o hygienické a protiepidemické péči. Vydáním tohoto zákona začal být budován systém hygienických stanic, který reflektoval tehdejší územní uspořádání členěné na okresy a kraje. Systém okresních a krajských hygienických stanic zůstal zachován i po územní reformě, která proběhla v roce 1960, a vydržel až do roku 2003. Během krátké doby, zejména díky působení výrazných osobností, si hygienická služba získala ve společnosti značný respekt. Na tento zákon navázal zákon č. 20/1966 Sb., o péči o zdraví lidu, který znamenal potvrzení a další posílení úlohy hygienické služby v systému preventivního zdravotnictví. V současné době má hygienická služba, již jako orgán ochrany veřejného zdraví, legislativní oporu v zákoně č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví. Od roku 2003 vyvíjí činnost v ČR v souladu s územně správním rozdělením 13 krajských hygienických stanic a Hygienická stanice hlavního města Prahy. Okresní hygienické stanice byly zrušeny.

Působí jako preventivní složka zdravotnictví. To znamená, že jejím hlavním cílem je aktivně pracovat v zájmu vytváření a ochrany zdravých životních a pracovních podmínek našich spoluobčanů. Pole působnosti hygienické služby je velmi široké a zasahuje prakticky do všech oblastí lidské činnosti. Z této skutečnosti je odvozeno její organizační členění.

Hygiena obecná a komunální provádí státní zdravotní dozor v objektech veřejného sektoru, službách pro obyvatelstvo, v ubytovacích a rekreačních zařízeních. Rozsáhlá je problematika hluku ve venkovním prostředí. Významnou pozici zaujímá kontrola kvality pitné vody jak z vodovodní sítě, tak z individuálních zdrojů. Od vzniku hygienické služby byl kladen veliký důraz na zajištění kvalitní pitné vody.

Hygiena výživy a předmětů běžného užívání provádí hygienický dozor především s ohledem na zdravotní nezávadnost potravin a na dodržování hygienických zásad ve stravovacích provozech ve veřejném sektoru i v závodním stravování. Úsilí je zaměřeno na prevenci onemocnění trávicího ústrojí. Významný podíl kontrolní činnosti připadá i na předměty určené pro styk s potravinami, kosmetické přípravky a výrobky určené pro děti do 3 let věku.

Hygiena dětí a mladistvých se v dozorové činnosti zaměřuje na předškolní a školní zařízení, včetně středních škol a učilišť, na školy v přírodě, letní tábory, rekreační a zotavovací zařízení pro děti a mládež. Velkou pozornost věnuje kvalitě stravování, a to jak po stránce zdravotní nezávadnosti konzumovaných jídel, tak i z hlediska jejich nutriční hodnoty.

Hygiena práce řeší komplexně problematiku hygienických podmínek na pracovištích, včetně hodnocení vlivu práce a pracovních podmínek na zdravotní stav pracovníků, a to na důlních i povrchových pracovištích. Významnou oblastí činnosti je šetření podmínek výkonu práce prováděné v souvislosti s procesem přiznávání nemocí z povolání.

Epidemiologie zajišťuje hygienický dozor ve zdravotnických zařízeních a v oblasti prevence a represe infekčních onemocnění. Provádí také sledování a hodnocení rizikových faktorů neinfekčních onemocnění, zejména srdečně-cévních, nádorových a alergických onemocnění, a také drogových závislostí.

V rámci hygienické služby působila až do roku 2003, kdy byla vyčleněna ve formě samostatných zdravotních ústavů, rovněž složka laboratorní, která účinně doplňovala a podporovala složku dozorovou. Prováděla v přímé vazbě na hygienický dozor nejrůznější chemické a mikrobiologické analýzy složek životního a pracovního prostředí (vody, ovzduší, zeminy, odpady), biologického materiálu (krev, moč, stolice), potravin a předmětů běžného užívání a měření fyzikálních škodlivin životního a pracovního prostředí (hluk, vibrace, osvětlení, prašnost). Nyní zdravotní ústavy poskytují orgánům ochrany veřejného zdraví obdobný laboratorní servis dodavatelsky na základě zakázky.

Odborným zaměřením hygienické služby je tedy zajistit plnění úkolů stanovených zákonem č.258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví. Hygienický dozor je rozdělen na dozor preventivní a státní zdravotní dozor (dříve nazývaný jako běžný). Cílem preventivního dozoru je předcházet vzniku faktorů, které mohou nepříznivě ovlivňovat zdravotní stav člověka. Děje se tak již ve fázi projektové dokumentace. Hygienická služba se vyjadřuje k územnímu plánování, k vlivu staveb na životní prostředí, k výstavbě, užívání a kolaudaci nejrůznějších staveb výrobního charakteru, občanské vybavenosti i zdravotnických zařízení, k zavádění nových technologických postupů a technologických zařízení, k výrobě a dovozu materiálů a předmětů přicházejících do přímého styku s vodou, s potravinami a s výrobky určenými dětem apod.

Státní zdravotní dozor je zaměřen na kontrolu dodržování stanovených hygienických podmínek v již vybudovaných zařízeních a při používání již zavedených látek a materiálů. Součástí je rovněž kontrola dodržování již schválených pracovních a výrobních postupů. Děje se tak v rámci hygienických prověrek prováděných přímo na místě samém. Úkolem je zjišťovat závady, iniciovat jejich odstranění formou správního řízení a kontrolovat plnění stanovených opatření. Ve zvláště závažných případech je hygienická služba oprávněna uložit finanční sankce. Významným prvkem běžného dozoru je vyšetřování kvality hygienických parametrů pomocí analýz a měření, což provádějí zdravotní ústavy. Objektivně zjištěné hodnoty škodlivin pak slouží k hodnocení míry rizika působícího na zdravotní stav člověka.